Ülser tedavisinde tıbbi ya da cerrahi tedavi mümkündür. Ülseri tedavi etmek için nedenini ortaya koymak olmazsa olmaz bir koşuldur. Yapılacak gastroskopi, yani endoskopik tetkikte, mide içinden alınacak bir örnekte Helicobacter pylori adı verilen bir mikrobun varlığını tespit edersek, bu mikroba yönelik tedavi, kompleks bir tedavidir, kombine bir tedavidir. Bu tedavi, hem antibiyotik hem de mide koruyucu birtakım ilaçları kullanmayı gerektirir. Hatta bu ilaçların beraber bulunduğu kombine ilaçlar da vardır. Bu ilaçlarla ülseri tıbbi olarak tedavi etmek mümkündür.

Eğer bu mikrobun var olmadığı durumlarda, ülserin ortaya çıkma nedenine yönelik birtakım tedavi yöntemleri gereklidir. Bu nedenlerin başında, ağrı kesici ilaç kullanımı gelmektedir. Nonsteroid antiinflamatuvar dediğimiz ağrı kesiciler aşırı miktarda kullanıldığında, midenin iç yüzünde birtakım ülserler ve yaralar ortaya çıkmaktadır. Öncelikle bu ilaçların kesilmesi ve midenin koruyucu kalkanını oluşturmaya destek olacak bazı ilaçların verilmesi gereklidir. Bu ilaçlar, kolay çiğnenebilir tabletlerden başlayarak, her gün düzenli kullanılan bazı ilaçlara kadar giden proton pompa inhibitörleri veya antasit olarak adlandırılan ilaç gruplarını içerebilir.

Onikiparmak bağırsağında ortaya çıkan ülserlerde de benzer tedavi yöntemleri uygulanabilir. Bu tedavi ile onikiparmak bağırsağındaki ülserler de kolaylıkla tıbbi yöntemlerle tedavi edilir. Ancak, eğer 4 hafta geçtiği halde küçülmeyen ülserler, çevresinden alınan örneklerde yüksek risk grubu olarak değerlendirilen ülserler veya biyopsi örneklerinde kötü huylu hücrelerin saptandığı ülserler varsa, bu durumda cerrahi olarak ülserleri çıkartarak tedavi etmek mümkündür.

Peptik ülserlerin iyileşmemesi durumunda ihmal etmemek, durumu önemsemek ve bu ülserlerde oluşabilecek kanserleri göz önünde bulundurmak önemlidir. Çünkü erken dönemde tanı konulan mide kanserleri, peptik ülser sonrasında gelişen, ya da daha doğru bir ifadeyle peptik ülser zannedilip iyileşmediği için tanı konulan kanserlerde, erken dönemde yapılacak tedaviler, %100 başarıya kadar gidebilen bazı şanslar tanıyacaktır.

Bu nedenle, peptik ülser adını verdiğimiz hastalıkla karşılaşıldığında, öncelikle ilk adımımız tıbbi tedaviyi denemek olmalıdır. Gastroskopi ya da endoskopi sırasında aldığımız numunede herhangi bir kanser saptanmamışsa, önce tıbbi tedaviyi denemek uygun olacaktır. Tıbbi tedaviyle iyileşmeyen ülserleri ise sıkı bir takip ile değerlendirmek gereklidir.