Safra kesesi taşlarının ameliyat edilmediği takdirde ortaya çıkan komplikasyonları genel olarak üç tanedir. Bunlardan birincisi taşın safra kesesinin çıkışını tıkamasıdır. Her yemekte safra kesesi kendini sıkmaktadır ve taşı dışarı atmaktadır. Oraya sıkışan taş safra kesesindeki safranın hızla iltihaplanmasına, safra kesesinin armut gibi kocaman büyümesine, hatta deli karın içine akmasına neden olabilir. Buna akut denir. Hastanede yatarak tedavi edilip ardından derhal ameliyat edilmesi gerekir. İkinci risk taşın ana kanala düşmesidir. Bu durumda kanalın altında on iki parmak bağırsağına açılan noktayı kapattığı için safra akımını tümüyle kesecek ve kişide sarılık ortaya çıkacaktır. Buna yönelik ek tedavi gerekecektir. Üçüncüsü ve en tehlikelisi safra kesesi taşlarının yanında oluşan dediğimiz çamur çamurumsu kristalleri kanalın çıkışında ödem meydana getirmesi bunun sonucu olarak da pankreasın ağzında da ödem oluşturarak pankreas iltihaplarına neden olmasıdır. Safra kesesi taşı akut pankreasit dediğimiz hastalığın nedenlerinden biridir. Bu yüzde elli hayati riske kadar gidebilen bir hastalıktır. Bu nedenle safra kesesi taşları mutlaka ve mutlak bu üç sorun ortaya çıkmadan ameliyatla alınmalıdır.