Makat çatlaklarının tedavisinin temel prensibi, iç kasın aşırı kasılmasıyla ortaya çıkan ve "hiper spazm" dediğimiz aşırı spazmın giderilmesidir. Bu spazm giderilmeden çatlağın tedavisi mümkün değildir. Makat çatlaklarının tedavisinde üç ana grup yöntem bulunmaktadır:

1. Tıbbi Tedaviler: Tıbbi tedavinin temel prensibi, iç kasın gevşemesini sağlamaktır. Sıcak suya oturma banyoları ile birlikte kullanılan bazı pomatlar, bu kasın gevşemesine yardımcı olabilir. Ancak, bu pomatlarda bulunan nitratlar çok çabuk emildiği için, hastalarda şiddetli baş ağrısı gibi yan etkilere neden olabilir. Bu nedenle, tıbbi tedavide doğru ve ideal yöntemi tanımlamak doktorların görevidir. Tıbbi tedaviler, genellikle akut dönemde, yani ilk bir ay içinde ortaya çıkmış fissürlerde daha başarılıdır. Ancak, dört ile altı haftadan sonra kronik hale gelmiş fissürlerde, tedavi genellikle daha karmaşık cerrahi yöntemlere ihtiyaç duyar.

2. Botoks Tedavisi: Son dönemde fistül tedavisinde öne çıkan yöntemlerden biri de botoksla tedavidir. Botoks, kasları felç eden bir tedavi yöntemidir. Dolayısıyla burada temel amaç, spazmı çözmek için iç kasın bir bölümünü geçici olarak felç etmek ve kasılmanın önüne geçmektir. Botoks tedavisi, ameliyathanede doğru koşullarda yapıldığında başarılı sonuçlar verebilen bir tekniktir. Bu teknik, gerektiğinde lazerle birlikte de kullanılabilir.

3. Klasik Cerrahi: Klasik cerrahi yöntemle, fissür çıkarıldıktan sonra iç kasın bir bölümünün kesilmesi mümkündür. Ancak, sadece fissürü lazerle ortadan kaldırmak, iç kas spazmını çözmediğiniz müddetçe ideal bir tedavi sağlamaz. Bu nedenle, cerrahlar tıbbi tedavi ile iyileşmeyen, 30 ila 60 gün içinde düzelmeyen fissürlerde öncelikle botoks tedavisini tercih etmektedir. Botoks tedavisinde kasın o bölümü felç edildikten sonra, altı aylık bir dönem beklenebilir, çünkü botoksun etkisi altı ay sürecektir. Botoksun en büyük avantajı, kas kesilmesinden kaynaklanabilecek büyük abdest tutamama ya da ileri yaşlarda tutamama gibi komplikasyonların önüne geçmesidir. Botoksun etkisi geçici olduğu için, kalıcı kas kontrolü kaybı ve büyük abdest kaçırma gibi etkiler ortaya çıkmaz. Botoksun etkisinin sürdüğü altı aylık süreçte de anal fissürün iyileşmesi mümkündür.

Hangi tedavi yönteminin seçileceği, cerrahın bilgisine, tecrübesine ve hasta ile olan iletişimine bağlıdır. Doğru hastaya doğru tedavi uygulandığında, fissür tedavisi son derece yüz güldürücü sonuçlar verir ve başarı oranı %100'e kadar ulaşabilir.