Anal fistül, makat içinden makatın çevresindeki deriye giden normal dışı bir yol olduğuna göre, tedavisinde de temel prensip bu yolun ortadan kaldırılması olmalıdır. Bunu yapabilmek için en önemli şey, makat içinden bu yolun kalın bağırsağın iç tarafına açılan ağzını yok etmektir. O ağız yok edilmedikçe, bu ağzın tedavi edilmedikçe yapılan hiçbir müdahale başarıya ulaşamaz. Anal fistüllerin tedavisinde, önce bu yolun nasıl bir yol izlediğini ve makat dışına nasıl geldiğini görmek gerekir. Bunun için MR gibi birtakım tetkiklerle anal fistül, yani fistül yolunun, kalın bağırsağı çevreleyen iç ve dış kaslarla olan ilişkisini ortaya koymak gerekir.

Eğer fistül bu kasların arkasından geçiyorsa, klasik cerrahide “fistülotomi” dediğimiz, fistülün üstünü açarak yapılan tedavide bu kasları kesmek, hastanın daha sonraki dönemde büyük abdestini tutamamasına neden olan birtakım riskleri de beraberinde getirdiği için bu durumu unutmamak gerekir. Eğer fistül, kasların ön tarafından geçiyor ve makata düz bir şekilde açılıyorsa, fistülotomi yani fistül yolunun üstünün açılıp içinin kazınması ile yapılan tedavi metodu yeterlidir ve oldukça başarılıdır.

Bunun dışında, eğer bu fistül yolu iki kasın arkasından geçiyorsa, o zaman farklı tedavi seçenekleri uygulanabilir. Bunların en başında “seton” uygulaması gelir. Seton, gevşek veya sıkı şekilde uygulanabilir. Genellikle kompleks fistüllerde, yani kasların arkasından geçen fistüllerde, seton uygulamasıyla önce fistül traktının mümkün olduğunca daralması sağlanır. Ardından, seton uygulandıktan dört ile altı hafta sonra bu yolun lazerle yakılarak birleştirilmesi iyi bir tedavi metodudur.

Bunu yaparken, makatın iç tarafında kalın bağırsağa bakan deliğin bir dikişle kapatılması veya çevreden alınan bir doku ile kapatılması ana prensiptir. Çünkü cerrahide, makatın iç tarafındaki delik kapatılmadığı takdirde, başarılı olma ihtimali yoktur. Dolayısıyla, lazer tedavilerinde de fistül yolunun lazerle yakılıp yapıştırılması ile birlikte, iç deliğin dikilmesi veya çevreden bir dokuyla kapatılması ana prensip olmalıdır.

Eğer bu fistüller birden fazla ağızla makat çevresinde açılıyorsa, her bir yolun ayrı ayrı lazerle tedavi edilmesi mümkündür. Lazer ve klasik basit fistüllerin dışında, setonla yapılan tedaviler de vardır. Daha çok eski bir teknik olarak adlandırılan bu yöntemde, kasların arkasından geçen fistül yolu, mümkün olduğunca kası kesmeden açılır ve kasın bulunduğu bölge, sıkı seton yardımıyla tedricen birkaç hafta içinde kesilerek tedavi edilir. Bu yöntemde, kasın tutma gücüne çok fazla zarar vermeden tedavi etmek mümkündür.

Hangi fistüle nasıl bir tedavi uygulanacağı, cerrahın tecrübesine, bilgisine ve genel deneyimine son derece bağlıdır ve bu muhakkak bilinmesi gereken önemli bir konudur.